Urodził się 31 października 1888 w Trąbkach koło Kutna w rodzinie ziemiańskiej o patriotycznych i żołnierskich tradycjach. Naukę podejmował w Warszawie, Tarnowie, Krakowie i Lwowie, gdzie w roku 1906 w VI Szkole Realnej uzyskał świadectwo dojrzałości. W roku 1908 rozpoczął studia na Wydziale Budowy Maszyn Politechniki Lwowskiej, jednak rok później przeniósł się na Uniwersytet Jana Kazimierza, którego również nie ukończył.
Ucząc się w Krakowie założył organizację abstynencką „Młodzież”. W późniejszych latach był członkiem Zarządu Głównego „Eleuterii” – federacji związków abstynenckich. Należał do „Eleusis”., Zarzewia”, „Sokoła”.
W listopadzie roku 1909 otrzymał za karę do przetłumaczenia podręcznik napisany przez Roberta Baden – Powella: „Scouting for Boys”. Po zapoznaniu się z treścią tego podręcznika stał się entuzjastą i propagatorem skautingu na ziemiach polskich, co uwidaczniało się udziałem we wszystkich pracach mających na celu rozwój skautingu na ziemiach polskich w latach 1909 – 1912.
Podczas pierwszego kursu skautowego, który odbył się w dniach 20 marzec – 21 maj 1911 roku omawiał poszczególne rozdziały przygotowanego przez siebie podręcznika. W okresie kwiecień – lipiec częściowo ukazywała się jego praca „Scouting” – pierwsza polska książka o skautingu, będąca systemem wychowania młodzieży. W październiku tego samego roku rozpoczął wydawanie „Skauta”, który już wkrótce cieszył się niezwykłą poczytnością.
Małkowski wszedł w skład pierwszej Komendy Skautowej, a następnie do Naczelnej Komendy Skautowej we Lwowie, jednak po powrocie z Londynu, gdzie wyjechał w celu zebrania materiałów do nowego wydania swej książki, został odsunięty od pracy na komendy lwowskiej i „Skauta”.
W roku 1913 zorganizował wycieczkę skautową na III Wszechbrytyjski Zlot Skautów w Anglii, gdzie Małkowski używał flagi biało – czerwonej i nazwy kraju nie istniejącego na ówczesnej mapie Europy. W czerwcu tego samego roku przeprowadził się do Zakopanego, gdzie ożenił się z Olgą Drahonowską. Tam rozwinął ożywioną działalność skautową, tworząc silny i niezależny ośrodek harcerski.
Za wybitne osiągnięcia Małkowski otrzymał od Roberta Baden – Powella medal skautowy – „Za zasługi”.
W czasie wojny wstąpił na krótko do Legionów Piłsudzkiego. Jego wystąpienie spowodowane było zbytnią zależnością tych formacji od zaborcy austriackiego.
W wyniku prób utworzenia niepodległej Rzeczypospolitej Podhalańskiej musiał opuścić Zakopane. W konsekwencji udał się do Anglii i do Stanów Zjednoczonych, gdzie tworzył wśród wychodźstwa polskie drużyny skautowe. Przez rok (od września 1915 do września 1916) pełnił funkcję skautmistrza związkowego w Związku Sokołów Polskich w Stanach Zjednoczonych. Z „Sokołów” próbował zorganizować Legion Polski, który walczyć miał z Niemcami. Władze związku jednak nie wyraziły na to zgody, dlatego też Małkowski wyjechał do Kanady, gdzie w grudniu roku 1916 wstąpił do wojska. Następnie służył w armii kanadyjskiej, walczył na roncie we Francji. W listopadzie 1918 roku został przeniesiony do armii gen. Józefa Hallera. Wysłany w misji wojskowej do polskich oddziałów w Odessie, zginął 15 stycznia 1919 roku w wyniku zatonięcia statku, którym płynął.